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在河道中加入经过专门的培育和筛选的微生物菌种来作为促生剂，加快河道中有害物质的分解，并将其转化为无害物质，促进河道中水资源的净化，同时能够促进河道中自有的微生物的生长，增强河道对于污染物的自然降解能力，提高河道的自净功能。主要包含生物膜法、固化微生物法、生物床、生物滤池等，主要利用微生物对水体进行净化。